Marcjon jest jednym z najbardziej znaczących heretyków w historii chrześcijaństwa. Jego nauczanie pociągało wielu przez wieki po nim. Henry Chadwick nazwał Marcjona "najbardziej radykalnym i najgroźniejszym heretykiem dla kościoła".
Marcjon nauczał że są dwa Bóstwa: Jahwe, okrutny Bóg w Starym Testamencie i Abba, łagodny ojciec z Nowego Testamentu. Z powodu tego wierzenia nie uznawał Starego Testamentu jako Pisma Świętego. Stworzył własną wersję mającą zaledwie 10 listów apostoła Pawła i dwie trzecie Ewangelii Łukasza. Usunął również wszystkie odniesienia do żydowskości Jezusa. "Nowy Testament" Marcjona - pierwszy jaki powstał, zmusił kościół do decyzji o tym co jest trzonem Pisma Świętego: cztery Ewangelie i listy Pawła.
Heretyckie nauczanie Marcjona niszczyło człowieczeństwo Chrystusa i atakowało chrześcijańskie pisma. Ponieważ Marcjon interpretował chrześcijaństwo z perspektywy gnostyckiej filozofii, która widziała wszystko co stworzone jako złe, chciał pozbyć się z Biblii wszelkich odniesień do ziemskiej rzeczywistości. To spowodowało że wyciął z Biblii większość narracji Starego i Nowego Testamentu. W swojej książce Antitheses stworzył listę rzeczy jakie uważał za sprzeczne pomiędzy Starym a Nowym Testamentem. Widział Boga Starego Testamentu jako stworzyciela smutnego świata, autora zła, w niczym nie przypominającego Ojca Jezusa. Z powodu swojej pogardy dla świata materialnego, Marcjon argumentował że jakikolwiek boski odkupiciel nie narodziłby się z kobiety. Z tego powodu odrzucał historię o narodzinach Jezusa.
Herezja Marcjona spowodowała że kościół cofnął się o oficjalnie rozpoznał Stary Testament jako Pismo Święte. Co więcej, odrzucenie przez Marcjona człowieczeństwa Jezusa zenergetyzowało kościół do rozwinięcia całościowej obrony tej doktryny. Tertulian zrobił to w swojej pracy "Przeciwko Marcjonowi" w 207-208. Tertulian widział zaprzeczenie człowieczeństwu Chrystusa u Marcjona jako szkodliwe dla chrześcijaństwa: "Cierpienia Chrystusa będą gwarantem wiary w niego. Bo jeśli nie cierpiał, jeśli w ogóle prawdziwie cierpiał; a złudzenie/widmo nie mogło cierpieć prawdziwie. Całe Boże dzieło jest obalone. Zaprzeczona jest śmierć Chrystusa, w której jest cała waga i owoc chrześcijaństwa."
Ireneusz również sprzeciwił się Marcjonowi, mówiąc "On okaleczył Ewangelię Łukasza, usuwając wszystkie narracje o narodzeniu Pańskim, usuwając również większość nauczania gdzie Pan najdobitniej przedstawia stwórcę tego wszechświata jako swojego ojca. Dlatego [Marcjon] przekonał swoich uczniów że on sam jest bardziej godny zaufania niż apostołowie, którzy przekazali Ewangelię; choć nie dał im Ewangelii a jedynie jej fragmenty”.
Ireneusz pisze, Marcjon “mówi że zbawienie będzie tylko dla duszy, dla tych dusz które przyjęły jego naukę; ciało ponieważ... pochodzi z prochu ziemi nie może uczestniczyć w zbawieniu.” Choć Marcjon został ekskomunikowany z kościoła w Rzymie w 144, dzięki swojej zamożności był w stanie ustanowić naśladowców jego poglądów na kolejne kilka wieków.
Mówimy dziś o Marcjonie ponieważ niektóre współczesne dziwaczne nauczania o Jezusie i Biblii to głównie odświeżanie jego starożytnych herezji. W swojej książce “God Delusion”, Richard Dawkins, pisze: Bóg Starego Testamentu jest bezsprzecznie najokropniejszą fikcyjną postacią: zazdrosny i z tego dumny; małostkowy, niesprawiedliwy, nieprzebaczający maniak władzy; mściwy, żądny krwi i robiący czystki etniczne; mizogeniczny, homofobiczny, rasistowski, zabijający niemowlęta, zabijający ludność, zabijający własne dziecko, zabijający zwierzęta, megalomaniak, sadomasochista, kapryśny wrogo nastawiony tyran.
Ten pogląd jest bardzo zbliżony do tego głoszonego przez Marcjona i dziś nadal sieje spustoszenie w kościele. Tertulian miał rację że jeśli Chrystus nie był w pełni człowiekiem to nie mógł prawdziwie cierpieć, zatem nie mógł być tym który identyfikuje się z nami jako upadłymi stworzeniami, zdobywając dla nas zbawienie przez swoją odkupieńczą śmierć i dające życie zmartwychwstanie.