Manicheizm bazuje na nauczaniu Maniego (ok. 216-277 AD), założyciela podobnej do Gnostycyzmu wysoko dualistycznej religii. Odrzucił cały Stary Testament i większość Nowego Testamentu. Mani uważał swoją religię za czystą i niesfałszowaną formę chrześcijaństwa. Tytułował siebie jako "Mani, Apostoł Jezusa Chrystusa z namaszczenia Boga Ojca", myśląc o sobie jako o "pomocniku" o którym wspominał Jezus w Ewangelii Jana 14:16.
Manicheizm to religijna fuzja aspektów Zoroastryzmu, Buddyzmu, gnostyckich wersji Chrześcijaństwa - panteistyczny mieszanina.
Centralnym punktem Manicheizmu jest wierzenie we wrogość pomiędzy siłami światłości i ciemności. Mani uczył że wszechświatem rządzą dwa najważniejsze prawa: Bóg Ojciec rządzi nad Królestwem Światłości, które jest duchowe, a okrutny ciemny książę panuje nad Królestwem Ciemności, które jest materialne. Oba królestwa są w odwiecznym i ciągłym konflikcie.
Wszystkie rzeczy materialne, włączając w to fizyczne ciało, były widziane jako złe i ograniczające. To prowadziło Manichejczyków do odrzucenia biblijnej nauki o zmartwychwstaniu zmarłych, treści chrześcijańskiej nadziei.
W dążeniu do uwolnienia od swoich ograniczony ciał przez posłuszeństwo prostym prawom moralnym, Manichejczycy byli uczeni by mieć nadzieję na reinkarnację dostępną dla nich jako grupy wybranych którzy w końcu będą uwolnieni z kręgu świata poprzez proces transmigracji.
Historyk kościoła J.N.D Kelly opisuje następująco to dziwne wierzenie: "W swoim istnieniu, człowiek jest tragicznie zaangażowany w materialny porządek rzeczy; jest upadły i zgubiony. Jest jednakże cząsteczką Światła, należącą, choć z niego wygnaną, do transcendentnego świata. Człowiek jest tej samej esencji co Bóg i ludzkie dusze są fragmentami boskiej substancji. Jego zbawienie leży w uchwyceniu się tej prawdy przez wewnętrzne oświecenie które może być spontaniczne, ale najczęściej przychodzi jako odpowiedź na przystąpienie do Manichejskiej wspólnoty. W procesie zbawienia, Bóg jest jednocześnie odkupiającym i odkupianym.
Manichejski pogląd na Chrystusa poważnie różni się od tego w Biblii. Z powodu dualizmu tej religii, ciało, będąc naturalne i materialne, jest uważane za złe. Dla Syna Bożego przyjąć naszą naturę znaczyłoby to zbrudzenie się złem. Wcielenie, jako przeciwieństwo tego dualistycznego poglądu, uważano za dziwaczne i niewiarygodne.
Prawdopodobnie najbardziej znanym Manichejczykiem był Święty Augustyn, który był wyznawcą tej religii przez 10 lat podczas pobytu w Kartaginie a później w Rzymie, zanim nawrócił się na chrześcijaństwo.
Augustyn pisał przeciwko Manicheizmowi w swoich Wyznaniach i w Przeciwko Faustusowi Manichejczykowi. (Faustus był głównym teologiem Manicheizmu).
Manicheizm jest jawnie sprzeczny z ortodoksyjnym chrześcijaństwem w swoim uporze, że nie ma wszechmocnego Boga który jest stwórcą wszystkich rzeczy. A odwieczna walka pomiędzy dobrem a złem umieszcza siły dobra na tym samym poziomie co siły zła. Dla kontrastu, ortodoksyjne chrześcijaństwo podkreśla że jest jeden Bóg, istniejący przed, oddzielony od, stworzenia. Bóg nie jest jednym ze światem (jak naucza panteizm), ani nie jest niezdolny by pokonać zło. Przeciwnie, List do Kolosan zapewnia że Chrystus jest ponad wszelką ziemską moc i jego zwycięskie zmartwychwstanie służy jako ostateczna odpowiedź na problem zła.
W przeciwieństwie do Manicheizmu, Chrześcijaństwo nie opisuje stworzenia jako złego, gdyż Księga Rodzaju opisuje że wszystko zostało stworzone przez Boga jako dobre i było nietknięte przez grzech przed upadkiem Adama.
Manichejska religia ma swoją kontynuację w spirytualizmie new age. Idea mówiąca że "Bóg jest we wszystkim i wszystko jest w Bogu" jest powszechna w kulturze, dodatkowo częsta jest akceptacja dla idei reinkarnacji. W przeciwieństwie do reinkarnacji, chrześcijaństwo naucza że zbawienie nie pochodzi z przeciwstawienia się złu przez moralne i prawe życie. Raczej, składa się z przyznania własnej niemożności do tego i przylgnięcie do tego który takie życie prowadził - Boga-człowieka, Jezusa Chrystusa.